La historia parte del final acontecido en Dragon Ball Z, una década después de la victoria de los guerreros Z sobre Majin Boo. Así, Dragon Ball GT inicia cuando Pilaf logra reunir las Dragon Balls Definitivas y convierte a Goku en un niño, tras pedir accidentalmente dicho deseo al dragón.
Poco después, las esferas del dragón se esparcen por el universo entero y deben ser recolectadas en un plazo menor a un año o el planeta en donde se pidió el deseo, la Tierra, será destruido.
Goku, Son Goten y Trunks deciden embarcarse y encontrarlas lo más pronto posible. Sin embargo, en el último instante antes de partir, Pan, nieta de Goku e hija de Son Gohan, entra a la nave y logra ponerla en marcha, dejando fuera de la misión a Goten y emprendiendo de esta forma el gran viaje junto a su abuelo y Trunks.
Durante su recorrido deben pasar por diversos planetas.
Finalmente, después de vencer a cada uno de sus oponentes y reunir las esferas del dragón, regresan a la Tierra, la cual se encuentra dominada por un resentido ser llamado Baby, personaje que desea exterminar a los saiyajin y reconstruir su antiguo hogar, el planeta Tsufur, junto con sus extintos habitantes.